Like la EOS-1D X, los valores de ajuste de AF para lentes en la EOS 5D Mark III son más completos que los de las réflex digitales EOS anteriores. Por ejemplo, con las cámaras EOS anteriores si se ha ajustado un EF 70-200 mm f /2,8L IS II USM lente de zoom, cada EF 70-200 mm f /2,8L IS II USM ha conectado a la cámara sería micro-ajustado por el mismo importe . Ahora puede realizar ajustes para cada lente individuo que utilice. Si no se detecta el número de serie de una de sus lentes puede registrar su número de serie dentro de la opción "Revisión /editar información lente" del menú de la cámara. Ajuste AF con lentes de zoom también se ha mejorado. En el pasado sólo era posible registrar un ajuste microadjustment para cada lente, pero, con la EOS 5D Mark III, puede realizar ajustes para la configuración de gran angular y teleobjetivo de un objetivo zoom. Esto ayuda a asegurar que cualquier distancia focal se utiliza con un objetivo zoom, las imágenes se enfoquen con precisión.
